কাস্টমস্, এক্সাইজ ও ভ্যাট কমিশনারেট, খুলনা জাতীয় রাজস্ব বোর্ডের অধীন বৃহত্তর এলাকাধীন একটি কমিশনারেট। ১৯৯২ সালে শুল্ক ও আবগারী, খুলনা কালেক্টরেট ভেঙ্গে কাস্টমস্, এক্সাইজ ও ভ্যাট কমিশনারেট, খুলনা সৃষ্টি হয়। পরবর্তীতে ২০১১ সালের ২০ ডিসেম্বর মূসক বিভাগের প্রশাসনিক বিভাজনের ফলে কাস্টমস্, এক্সাইজ ও ভ্যাট কমিশনারেট, খুলনা পুনর্গঠিত হয়। এ কমিশনারেট পুনর্গঠিত হওয়ার পর হতে সুনামের সাথে রাজস্ব আদায়ের কাজ করে যাচ্ছে। খুলনা শহরের খালিশপুর শিল্প এলাকায় নিজস্ব ভবনে এ দপ্তরের অবস্থান।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস